MAN Pekalongan merupakan salah satu lembaga pendidikan tingkat atas yang berada di wilayah Kompleks Islamic Center Jalan Capgawen 113 Kedungwuni. MAN Pekalongan merupakan alih fungsi dari SP IAIN Pekalongan yang beralamat di Jl. Dr. Sutomo No. 27 Pekalongan. SP IAIN Pekalongan merupakan embrio MAN 1 Pekalongan yang didirikan pada tahun 1954 oleh tokoh masyarakat dan ulama. Pada tahun 1980/1981 KMA No. 17/1978 (tanggal 16 Maret 1978) SP IAIN Pekalongan dialih fungsikan menjadi PGAN Pekalongan. Pada tahun 1981/1982 MAN 1 Pekalongan memiliki kelas jauh (Filial) di Wonopringgo Kab. Pekalongan. Pada Tahun 1982/1983 MAN Pekalongan memperoleh proyek dari pemerintah berupa bangunan fisik sebanyak 3 lokal. Kemudian usaha dari MAN 1 Pekalongan tersebut mendapat sambutan positif dari Bupati Pekalongan Supardi dan diberi tanah seluas 9.000 m² yang berlokasi di Desa Prawasan Kec. Kedungwuni Pekalongan Jl. Capgawen 113 Kedungwuni Pekalongan dengan bukti penyerahan (Hibah) No. 10 181. 1/172/Th.1983. Tanggal 5 Mei 1983 sebagai status hak guna pakai. Pada tahun tersebut pembangunan gedung dapat dilaksanakan dan selesai tahun 1983.  Akhirnya pada tanggal 24 September 1983 sebagai hari lahirnya MAN 1 Pekalongan. Sampai pada akhirnya berdasarkan KMA 810 Tahun 2017 perubahan nomenklatur MAN 1 Pekalongan menjadi MAN Pekalongan Kabupaten Pekalongan.